A palestra intitulada “High Performance Computing for Bioinformatics Applications: the Quest for Performance” será apresentada pela Prof. Alba Alves de Melo (Universidade de Brasilia), e terá lugar no dia 20 de fevereiro, às 14:30, na sala B018. A sessão será moderada pelo Prof. João Bispo (DEI).
Sobre a Palestra:
“As aplicações de bioinformática são frequentemente computacionalmente intensivas, tornando a Computação de Alto Desempenho (HPC) altamente desejável. Nesta palestra, apresentarei aplicações paralelas de bioinformática desenvolvidas para ambientes de Computação de Alto Desempenho (HPC) ao longo dos anos pelo meu grupo de investigação no Laboratório LAICO da Universidade de Brasília. Serão abordados os seguintes temas: (a) aplicações paralelas para comparação exata de pares de sequências biológicas longas em clusters de GPUs (Unidades de Processamento Gráfico) e CPUs; (b) aplicações de alinhamento exato de múltiplas sequências para arquiteturas multithread; (c) previsão exata da estrutura secundária do RNA (dobramento e alinhamento) em GPU; e (d) dobramento heurístico de proteínas em um supercomputador. Por fim, será apresentada uma estrutura para a execução de fluxos de trabalho científicos na nuvem HPC.”
Sobre a Oradora:
Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo obteve o seu doutoramento em Ciência da Computação pelo Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG), França, em 1996. Desde 1997, está no Departamento de Ciência da Computação da Universidade de Brasília, Brasil, onde agora é professora titular. A Prof. Melo é membro senior do IEEE, vice-coordenadora da Comunidade Técnica de Processamento Paralelo (TCPP) do IEEE desde 2024 e membro do Comite Consultivo em Ciência da Computação do CNPq/Brasil desde 2025.
A Prof. Melo recebeu os seguintes prémios: Prémio de Serviço e Contribuições Notáveis do Comité Técnico de Processamento Paralelo (TCPP) do IEEE de 2023; Prémio Wilkes 2019 pelo Melhor Artigo Publicado no The Computer Journal em 2018, Oxford University Press (trabalho conjunto com a equipa UPC/BSC); Prémio 2016 de Orientadora da Melhor Tese de Doutoramento em Ciência da Computação no Brasil (Prémio Capes de Tese).
É editora-chefe associada da secção de Aplicações do Journal of Parallel and Distributed Systems (JPDC). É também editora associada de muitas revistas de prestígio, tais como IEEE Transactions on Computers, IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, ACM Computing Surveys e Future Generation Computer Systems. Foi copresidente geral do Simpósio Internacional de Processamento Paralelo e Distribuído (IPDPS) 2024 do IEEE. Foi Program Chair ou Track Chair de muitas conferências de prestígio em computação de alto desempenho, como IPDPS, Supercomputing (SC), Euro-Par, HiPEAC, Cluster, ICPP, SBAC-PAD e HiPC.
O grupo de investigação da Prof. Melo estabeleceu colaborações duradouras com equipas de investigação da University of Ottawa, Canadá (desde 2005); INRIA/Saclay e Mines Paris Tech, França (desde 2011); Universitat Politecnica de Catalunya/Barcelona Supercomputing Center (UPC/BSC), Espanha (desde 2012); e University of Copenhagen, Dinamarca (desde 2017). Os seus interesses de investigação são computação de alto desempenho, bioinformática e computação em nuvem.









